Il Comitato Scientifico e Tecnico (CST) è l'organo che collabora con il Segretariato permanente e i Punti focali nazionali (di Francia, Italia e Principato di Monaco). Esso trasmette pareri e consigli per l'attuazione dell'Accordo e assiste il Segretariato Permanente nella preparazione di risoluzioni, raccomandazioni, orientamenti, programmi di lavoro e priorità internazionali. La Conferenza delle Parti Contraenti è chiamata a deliberare la ratifica delle proposte scientifiche del CST realizzate in funzione del piano di gestione e delle azioni prioritarie.

Il CST, presieduto dalla Dott.ssa Sylvie Tambutté, Direttore di ricerca al Centre Scientifique de Monaco (Centro Scientifico di Monaco), è composto dalle delegazioni dei singoli paesi, comprendenti un capo delegazione accompagnato da 3 o 4 esperti.

La prima riunione del CST dell’Accordo Pelagos si è tenuta a Monaco il 6 ottobre 2006 presso il Ministero di Stato, su cortese invito del Governo del Principato di Monaco.

Nel gennaio 2013, in seguito alla riattivazione del Segretariato permanente e in vista della preparazione della quinta Conferenza delle Parti dell'Accordo (Roma, giugno 2013), presso la sede sociale dell'Accordo (Genova, Palazzo Ducale) si è tenuta una sessione straordinaria e ristretta del Comitato Scientifico e Tecnico. Il sesto CST si è svolto il 30-31 ottobre 2013 presso il Ministero di Stato del Principato di Monaco.