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L'Accord è reso esecutivo in Francia con il pdf decreto n°2002-1016 del 18 luglio 2002 . Sono stati necessari dieci anni di discussione e di condivisione delle informazioni nel solco di una volontà comune affinché, il 25 novembre 1999, Francia, Italia e Monaco pervenissero a sottoscrivere un Accordo per la creazione di un Santuario dei mammiferi marini nel Mediterraneo. L'Accordo entra in vigore il 21 febbraio 2002 dopo la ratifica da parte di questi tre paesi. La sua area di competenza si estende su una superficie marittima di 87.500 km² e comprende la parte marittima del bacino corso-ligure-provenzale.

Dal marzo 1994, il Parc national de Port-Cros viene designato dal Ministero competente per l'Ambiente di coordinare le ricerche scientifiche e altre azioni relative ai cetacei nel Mar Mediterraneo nord-occidentale.

Forte di questa esperienza e nel quadro della stessa logica, nel dicembre 1999 il Ministero affida al Parc national de Port-Cros l'incarico di coordinare e di animare l'azione dei portatori d'interesse francesi (amministrazioni, enti locali, operatori, équipe di ricerca, utenti, ONG e associazioni) per l'attuazione dell'Accordo. Le prime riunioni hanno consentito di predisporre una modalità di gestione per la Parte francese. Da allora, il Parc national de Port-Cros ha condotto una politica di concertazione e di partenariato con i portatori d'interesse coinvolti.

In occasione della creazione del Santuario Pelagos, si è convenuto di costituire tre gruppi di lavoro tematici, d'accordo con l'insieme dei partner (rappresentanti del Prefetto Marittimo per il Mediterraneo, responsabili regionali delle amministrazioni del Mare, della Pesca e dell'Ambiente e degli enti locali di Corsica e della Provenza-Alpi-Costa Azzurra, laboratori e centri di ricerca scientifica, associazioni impegnate per promuovere la conoscenza o la tutela dei mammiferi merini, operatori del settore dell'osservazione delle specie in mare, imprese di trasporto marittimo e della pesca professionale). Prendono così forma i gruppi dei gruppi di lavoro "Ricerca", "Sensibilizzazione" e "Attività umane".

Nel 2006, si è proposto ai partner della Parte francese di lavorare anche su progetti mirati – nell'ambito delle priorità tripartite – allo scopo di preparare dossier specifici.
La "tabella di marcia" diventa così uno strumento di lavoro indispensabile. Aggiornata regolarmente, consente di visualizzare sinteticamente le operazioni da effettuare e le scadenze, per dare leggibilità alle azioni condotte dalla Parte francese. Permette inoltre di tenere informati tutti i partner francesi del Santuario Pelagos.

Il complesso di questi lavori è sottoposto all'autorità del Ministero dell'Ecologia, dello Sviluppo e della Gestione Sostenibile. Le riflessioni condotte da questi gruppi indicano la necessaria complementarietà delle risorse finanziarie, umane e logistiche. La presenza formale degli enti presenti nei gruppi, attraverso i loro rappresentanti regionali, attesta l'impegno verso una dinamica costruttiva a favore di una gestione equilibrata degli habitat e delle specie, passando attraverso la problematica delle attività umane.

Il Parc national de Port-Cros fornisce l'animazione e l'attività di segretariato della Parte francese nel quadro delle proprie azioni amministrative e relazionali.

Il Comitato di Pilotaggio (CP) convalida le proposte presentate dal Comitato Nazionale del Santuario, dai gruppi di lavoro Francesi o dal Segretariato Permanente. Si occupa inoltre di preparare le riunioni internazionali, designando in particolare le delegazioni Francesi.

Il Comitato Nazionale del Santuario (CNS) raccoglie le informazioni ed esamina le proposte di intervento formulate dai singoli gruppi, proponendo misure di gestione. Dopo essere state convalidate dal Comitato di Pilotaggio, queste proposte vengono condivise con i partner Monegaschi e Italiani. La prima riunione del CNS è stata ospitata il 10 giugno 2005 ad Ajaccio dai pescatori professionali (Comité des pêches et Prud’homies) e dall'Office de l’Environnement della Corsica. Le riunioni successive si sono svolte a Hyères nel 2008 e nel 2013.

Il Gruppo di Lavoro "Ricerca"
 è chiamato a individuare le priorità di ricerca da perseguire, in funzione del livello delle conoscenze attuali e della loro importanza per il Santuario. Si occupa inoltre di fare un bilancio delle ricerche in corso o esistenti per formulare un parere scientifico su problematiche inerenti la gestione delle attività umane nel Santuario, in particolare su richiesta del Prefetto Marittimo per il Mediterraneo.

È stato costituito un sottogruppo "spiaggiamenti" a sostegno della dinamica avviata a livello nazionale attraverso la rete "spiaggiamenti", coordinata per il Mediterraneo dal GECEM (Groupe d'Étude des Cétacés de Méditerranée).

Il Gruppo di Lavoro "Attività umane"
 permette di fare l'inventario delle attività umane che possono avere un impatto sui cetacei o sui loro habitat, oltre a definire le proposte di intervento per ridurle.

Si è avviata una riflessione sulla lotta contro le attività di degassificazione e l'inquinamento da idrocarburi, sull'impatto degli scarichi in mare di cherosene e di sostanze inquinanti diverse o di origine continentale, sull'effetto "scia" delle eliche e sulle collisioni con le imbarcazioni, sulla pesca professionale e sul turismo di osservazione. 
A questi lavori partecipano i pescatori, già fortemente sensibilizzati su questo problema, nell'intento di ridurre l'impatto di determinati tipi di rete sulle catture accidentali di delfini.

Il Gruppo di Lavoro "Sensibilizzazione"
 propone una politica di informazione, comunicazione e sensibilizzazione sul Santuario, mirata alle diverse tipologie di destinatari (studenti, operatori, turisti, amministratori locali, ecc.), assista il gruppo di animazione nella produzione di strumenti di sensibilizzazione (opuscolo informativo sul Santuario, specie incontrate, esposizione, campagne di sensibilizzazione, ecc.).