Le 25 novembre 1999, l'Accord Pelagos créant le Sanctuaire pour les mammifères marins en Méditerranée, est signé à Rome par la France, l’Italie et la Principauté de Monaco (dépositaire). Entré en vigueur le 21 février 2002, cet accord a pour objectif d’instaurer des actions concertées et harmonisées entre les trois pays pour la protection des cétacés et de leurs habitats contre toutes les causes de perturbations : pollutions, bruit, captures et blessures accidentelles, dérangement, etc.  pdf Pour consulter le texte de l'Accord, cliquez ici .

L’idée de créer un Sanctuaire dans le bassin Corso-Liguro-Provençal, provient de la constatation, dans les années 1980, qu’un peuplement relativement important et diversifié de mammifères marins fréquente cette zone, attirés par une productivité primaire élevée.

En effet, une panoplie de mécanismes de fertilisation rehausse le niveau de la production primaire : eaux côtières, effet différé du mélange hivernal, zone frontale, phénomènes d’upwelling et structures complexes associant divergences et convergences.

Une estimation grossière recense plus de 8 500 espèces animales macroscopiques représentant entre 4% et 18% des espèces marines mondiales, une biodiversité remarquable, notamment en ce qui concerne le nombre de prédateurs en haut de la chaîne trophique comme les mammifères marins, étant donné que la Méditerranée ne représente que 0,82% de la superficie et 0,32% du volume des océans du monde.

En outre, cette même zone souffre d’une pression élevée liée aux nombreuses activités humaines, créant de sérieux problèmes sur les populations de mammifères marins présentes. Ces impacts sont dus entre autres à certaines techniques de pêche, à la pollution, à l’urbanisation, aux collisions avec les navires et aux activités d’observation des cétacés. A ces perturbations anthropiques s’ajoutent des perturbations naturelles (fluctuations climatiques, épidémies, etc.).

La démarche de création du Sanctuaire a pris corps au niveau italien, à l’instigation d’organisations non gouvernementales et s’est matérialisée au niveau international avec la prise de conscience au niveau étatique que la protection des mammifères marins ne pouvait se faire qu’au travers d’une gestion intégrée de la zone du Sanctuaire.

Tout au long de la maturation du projet de Sanctuaire, de nombreux centres de recherche, universités, organisations non gouvernementales, associations et professionnels de la mer ont participé aux réunions internationales et nationales en collaboration avec le secteur gouvernemental. Ils se sont mobilisés par leurs travaux de recherche et de suivi des populations, et de leur état ainsi que par des opérations médiatiques afin de faciliter le processus de création du Sanctuaire par les décideurs. Toute l’histoire du Sanctuaire a été marquée par une approche participative des différents acteurs qui a permis sa réalisation.

Créé dans le but de protéger les mammifères marins contre toutes les causes de perturbation provenant des activités humaines, le Sanctuaire doit donc concilier le développement harmonieux des activités socio-économiques avec la protection nécessaire des habitats et des espèces y vivant.

L’originalité du Sanctuaire Pelagos pour les mammifères marins de Méditerranée réside dans le fait qu'il constitue une zone de gestion tripartite dans un territoire côtier et de haute mer appréhendé comme un "écosystème de grande dimension" d’un grand intérêt scientifique, socio-économique, culturel et éducatif. L’ensemble du Sanctuaire peut être considéré, de façon très générale, comme une sous-unité distincte bio-géographiquement de l’Ecosystème Marin de Grande Dimension (LME) de Méditerranée.