Le Comité Scientifique et Technique (CST) est l’organe qui collabore avec le Secrétariat Permanent et les Points Focaux Nationaux (de France, Italie, Monaco). Il apporte aux Parties ses avis et conseils pour la mise en œuvre de l’Accord. Il appuie le Secrétariat Permanent dans la préparation des résolutions, recommandations, lignes directrices, programmes de travail, et priorités internationales. La Conférence des Parties Contractantes valide en séance les propositions scientifiques du CST réalisées en fonction du plan de gestion et des mesures prioritaires.

Le CST, présidé par Dr. Sylvie Tambutté, Directrice de recherche au Centre Scientifique de Monaco, est composé d’une délégation par pays avec un chef de délégation, accompagné de 3 ou 4 experts.

La première réunion du CST de l’Accord Pelagos s’est tenue à Monaco le 6 octobre 2006 au Ministère d’Etat à l’aimable invitation du Gouvernement de la Principauté de Monaco.

En 2013, comme suite à la réactivation du Secrétariat Permanent et en vue de la préparation de la 5ème Conférence des Parties à l'Accord (Rome, juin 2013), une session extraordinaire et restreinte du Comité Scientifique et Technique s'est tenue en janvier 2013 au siège social de l'Accord (Gènes, Palais Ducal). Le 6ème CST s'est tenu les 30-31 octobre 2013 au Ministère d'Etat de la Principauté de Monaco.