Le Comité scientifique et technique (CST) est l’organe qui collabore avec le Secrétariat permanent et les Points focaux nationaux (de France, d'Italie et la Principauté de Monaco). Il est composé d'un Président, ainsi que d'un chef de délégation et de cinq membres pour chaque pays membre à l'Accord, et éventuellement d'experts. Le CST apporte aux Parties ses avis et conseils pour la mise en œuvre des objectifs de l’Accord. Il appuie le Secrétariat permanent dans la préparation des résolutions, recommandations, lignes directrices, programmes de travail et priorités internationales. La Réunion des Parties valide en séance les propositions du CST établies en fonction du plan de gestion et des mesures prioritaires.

La première réunion du CST de l’Accord Pelagos s’est tenue à Monaco le 6 octobre 2006 au Ministère d’Etat, sur l’aimable invitation du Gouvernement de la Principauté de Monaco.

Dans une volonté d'amélioration de la gouvernance de l'Accord adoptée lors de la 6ème Réunion des Parties qui s'est tenue à Hyères (France) du 15 au 16 décembre 2015, la Présidence du CST, qui revenait jusqu’à présent à la Principauté de Monaco, est devenue tournante tous les deux ans entre les pays membres à l'Accord. La Présidence du CST est actuellement assurée par l'Italie, par Monsieur Leonardo Tunesi, Directeur de recherche, Responsable en "Protection de la Biodiversité, de l'Habitat et des espèces marines protégées" auprès de l'Istituto Superiore per la Protezione e la Ricerca Ambientale (ISPRA).