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Depuis la création du Sanctuaire, des programmes de recherche sont financés par le MEDAD et par des laboratoires publics ou privés. Le premier programme de recherche triennal lancé par le Sanctuaire PELAGOS a démarré en 2003 pour finir en 2005. Les résultats de ces recherches ont permis aux scientifiques, partenaires et gestionnaires de mieux connaître les cétacés afin de mettre en place des mesures de gestion appropriées.

Pour approfondir et compléter les connaissances acquises par ce premier programme et aborder les objectifs énoncés par le plan de gestion, mais aussi pour conserver la dynamique d'actions initiée par les partenaires, il est fondamental de prolonger l'effort de recherche au cours des trois prochaines années. PELAGOS a donc lancé en 2007 un nouvel appel à propositions de partenariats scientifiques pour le programme de recherche PELAGOS 2007/2009.

La partie française du Sanctuaire PELAGOS a également participé depuis 2004 aux travaux du LIFE LINDA. Les 23 actions mises en œuvre, de l’acquisition de connaissances à la concertation avec les pêcheurs, en passant par la sensibilisation des enfants et des adultes, présentent un bilan positif de ce programme de 3 ans et demi.

En Août 2007, le Groupement d’Intérêt Scientifique pour les mammifères marins en Méditerranée (GIS 3M) a été créé sous l’impulsion de la Partie française de PELAGOS. Cette association a comme objectif de fédérer les chercheurs partenaires du Sanctuaire au sein d’un groupement d’intérêt scientifique. De cette manière, la recherche et l’utilisation des financements seront optimisées.