L'Accordo Pelagos per il Santuario dei mammiferi marini nel Mediterraneo viene sottoscritto a Roma dalla Francia, l'Italia e il Principato di Monaco (depositario) il 25 novembre 1999. Entrato in vigore il 21 febbraio 2002, l'Accordo si prefigge di promuovere azioni concertate e armonizzate tra i tre paesi firmatari per la protezione dei cetacei e dei loro habitat contro tutte le eventuali cause di disturbo: inquinamento, rumore, cattura e ferite accidentali, turbativa, ecc.  pdf 
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L’idea di istituire un Santuario nel bacino corso-ligure-provenzale nasce dalla constatazione, nel corso degli anni Ottanta, che questa zona è frequentata da una popolazione relativamente numerosa di mammiferi marini, attirati da un'elevata produttività primaria.

In effetti, la compresenza di vari meccanismi di fertilizzazione determina l'innalzamento del livello di produzione primaria: acque costiere, effetto differito del mescolamento invernale, zona frontale, fenomeni di upwelling e strutture complesse che comportano divergenze e convergenze.

Una stima grossolana indica la presenza di oltre 8.500 specie animali macroscopiche, che rappresentano tra il 4% e il 18% delle specie marine mondiali; si tratta dunque di una biodiversità rilevante, in particolare per il numero di predatori come i mammiferi marini, che si collocano al vertice della catena trofica, considerando che il Mediterraneo occupa soltanto lo 0,82% della superficie e lo 0,32% del volume degli oceani del mondo.

Quest'area è inoltre sottoposta a una pressione elevata determinata dalle numerose attività umane, creando così seri problemi ai popolamenti di mammiferi marini. Questi impatti sono dovuti, tra l'altro, ad alcune tecniche di pesca, all'inquinamento, all'urbanizzazione, alle collisioni con i natanti e alle attività di osservazione dei cetacei. A queste turbative antropiche si aggiungono poi elementi naturali di disturbo (fluttuazioni climatiche, epidemie, ecc.).

L'iter di creazione del Santuario ha preso corpo sul versante italiano, su iniziativa di organizzazioni non governative, e si è materializzato a livello internazionale man mano che gli Stati si sono resi conto del fatto che la tutela dei mammiferi marini poteva realizzarsi soltanto attraverso una gestione integrata dell'area del Santuario.

Nel corso del processo di maturazione del progetto del Santuario, numerosi centri di ricerca, università, organizzazioni non governative, associazioni e operatori del mare hanno partecipato alle riunioni internazionali e nazionali, collaborando con gli enti pubblici competenti. Si sono attivati, attraverso studi di ricerca e di monitoraggio delle popolazioni e delle loro condizioni, promuovendo anche operazioni mediatiche volte a favorire il processo di creazione del Santuario da parte delle autorità preposte. L'intera storia del Santuario è caratterizzata dall'approccio partecipativo dei vari interlocutori, che ne ha permesso la realizzazione.

Istituito allo scopo di proteggere i mammiferi marini da tutte le cause di turbativa originate dalle attività umane, il Santuario deve quindi conciliare lo sviluppo armonioso delle attività socio-economiche con la necessaria salvaguardia degli habitat e delle specie che vivono in essi.

L’originalità del Santuario Pelagos per i mammiferi marini del Mediterraneo è insita nel fatto che esso costituisce un ambito di gestione tripartita in un territorio costiero e di altura che si configura come "ecosistema di grandi dimensioni" di notevole interesse scientifico, socio-economico, culturale ed educativo. In termini molto generali, l'insieme del Santuario può essere considerato come una subunità biogeografica distinta del Grande Ecosistema Marino (LME – Large Marine Ecosystem) del Mediterraneo.