Il s'agit des bateaux de transports de passagers ou de marchandises (ferry, cargo, tanker, porte-conteneurs, etc.), dont la taille dépasse souvent les 100 mètres, et qui naviguent entre 14 et plus de 40 nœuds. Ils suivent une route précise, parfois invariable tout au long de l'année, alors que le nombre de rotation peut varier : il augmente notablement durant les mois d'été pour les transports de passagers entre les îles de Méditerranée (Corse, Sardaigne) et le continent.

Avec un trafic maritime annuel estimé annuellement à 220 000 navires marchands, la navigation commerciale est particulièrement intense en Méditerranée occidentale. Le Sanctuaire Pelagos et ses frontières n'y échappe donc pas, avec 2 des 8 « noeuds de concentration du trafic maritime » (Gênes et Marseille) identifiés dans tout le bassin et une trentaine de liaisons par jour assurées par au moins 8 compagnies de transport de passagers entre le continent, la Corse et la Sardaigne. 

Routes effectuées par des navires de commerce en 2001 en Méditerranée occidentale. In Di-Méglio et David (2006), d'après les données du SCOT (2004).	Carte du Sanctuaire Pelagos avec les couloirs de navigation (source : Atelier scientifique international sur la gestion spatio-temporelle du bruit, ACCOBAMS, Octobre 2007).

De plus, alors que la Méditerranée représente moins de 1% de la surface totale des océans, elle possède 28% du trafic mondial de transport pétrolier maritime.

C'est en été que le trafic est le plus intense entre le continent et la Corse, avec 700 000 à 900 000 personnes par an. La concentration estivale de plusieurs centaines de gros cétacés est à mettre en concomitance avec cette densité de navires pour expliquer les risques élevés de collisions. La croissance du trafic dans la zone Pelagos, notamment en matière de transport de marchandises (autoroutes de la mer) renforce la nécessité de développer des mesures pour limiter ces risques de collisions.

Menaces

Collisions, bruit, dérangements, pollutions par les hydrocarbures, émission de gaz à effet de serre.

Note : Les eaux de ballast collectées ou déchargées en mer ont parfois été à l'origine de pollutions biologiques ou génétiques par la translocation de certaines espèces marines notamment d'espèces associées aux mammifères marins. Ainsi près de 300 espèces non indigènes seraient entrées en Méditerranée par ce biais.