La Conférence des Parties (COP) est l'organe décisionnel de l'Accord qui adopte les recommandations émises par le Comité scientifique et technique (CST).
La Conférence des Parties est composée d'un Président, des délégations des trois pays Parties, des membres du Secrétariat Permanent et des observateurs. Chaque délégation est composée d'un chef de délégation et de cinq membres maximum, auxquels peuvent se joindre, en tant que de besoin, tout expert de leur choix.
La Conférence des Parties se tient tous les deux ans, à tour de rôle, dans le pays signataire de l'Accord à qui revient la Présidence.
La 7ème Conférence des Parties s'est tenue à Monaco, du 12 au 13 décembre 2017, sous la présidence monégasque entrante de Monsieur Cyril Gomez. La prochaine Conférence des Parties est prévue au cours du premier semestre 2021.