L'objectif du Sanctuaire Pelagos est de "garantir un état de conservation favorable des mammifères marins en les protégeant, ainsi que leur habitat, des impacts négatifs directs ou indirects des activités humaines" (art. 4 de l'Accord). Pour cela, les pays signataires se sont engagés à identifier les menaces que font peser ces activités sur les populations de cétacés et à prendre les mesures appropriées pour les réguler.

Cette partie expose les activités susceptibles d'interagir négativement avec les mammifères marins du Sanctuaire.

Le schéma ci-dessous tente récapituler de manière la plus exhaustive possible les différentes activités humaines ainsi que les conséquences que celles-ci peuvent engendrer sur les populations de mammifères marins.