Les activités de recherches in situ, bien que nécessaires, peuvent, si elles sont pratiquées sans certaines précautions, être un facteur de perturbation important pour les mammifères marins.
Certaines techniques sont reconnues par les spécialistes comme étant susceptibles de déranger les mammifères marins, notamment le marquage et le pistage, le prélèvement par biopsie, la capture et l'expérimentation avec des techniques acoustiques actives.
D'autres techniques scientifiques ne sont pas gênantes. Il s'agit par exemple de la photo-identification (si l'on respecte une distance minimale).

Biopsie effectuée par des biologistes. L'échantillon de peau sera analysé pour différentes études telles que la génétique.

Suivi des déplacements effectués par les cétacés grâce à une balise ARGOS (Système de localisation et de collecte de données par satellite) et par GPS.

Dans le cas du Sanctuaire, il convient d'établir des règles communes pour la pratique de ces activités de recherche. Ces règles comprendront, entre autres, le principe de déclaration et d'autorisation, le respect d'un code de conduite détaillé (comportement en mer, mise à disposition des résultats, labellisation de l'activité au sein du Sanctuaire, recherche de financements) ainsi que les conditions d'octroi de ces autorisations ou labels.

Dans ce contexte, la zone du Sanctuaire pourrait bénéficier, si nécessaire, de mesures plus strictes que celles préconisées dans le cadre de l'ACCOBAMS. Les gestionnaires du Sanctuaire pourraient également apporter leur aide à la décision des trois Parties contractantes dans l'octroi éventuel des dérogations prévues par l'ACCOBAMS.

En matière de recherche, les recommandations avancées sont les suivantes :

• tout projet de recherche dans le Sanctuaire doit donner lieu à déclaration (en France ou Principauté de Monaco) ou à une dérogation (en Italie) ; 
• les chefs de projets et chercheurs impliqués doivent suivre une déontologie stricte et s'engager à tout mettre en oeuvre pour minimiser les impacts potentiels lors des interactions avec les cétacés ;
• les chercheurs doivent s'engager à diffuser les résultats de leurs recherches de façon appropriée à un large public scientifique et technique afin d'éviter toute redondance des études in situ et de faire progresser la connaissance de la meilleure façon possible.

Menaces

Perturbation, harcèlement, stress.