Le littoral du Sanctuaire n’échappe pas à la grande tendance actuelle. En effet, on assiste à une urbanisation et une industrialisation accrue de l'espace littoral, dont le développement ne se fait pas toujours de façon intégrée et durable.
Les deux départements français du continent (Var et Alpes Maritimes), la Corse, la principauté de Monaco et les trois provinces italiennes (Ligurie, Toscane et Sassari en Sardaigne) frontalières avec le Sanctuaire comptabilisent près de 8 millions d'habitants. Ce chiffre n'inclus évidemment pas l'affluence estivale.
La Riviera française (Alpes-maritimes et Monaco) et son million d'habitants a attiré en 2002 plus de 9 millions de touristes (données INSEE) qui ont dépensé plus de 5 milliards d'euros. Pour la partie italienne, c'est environ 10% de la population nationale qui vit autour du Sanctuaire, soit 5,6 millions de personnes (données ISTAT).
La région Provence-Alpes-Côte d'Azur, première région littorale de France en nombre d'habitants (estimation de l'INSEE : 4 781 000 habitants en 2006), est un bon exemple de cette « littoralisation » puisque l'espace littoral qui représente 10% de la région reçoit globalement 90 % de la population permanente et saisonnière. La Corse n'échappe pas à ce phénomène de « littoralisation », cependant l'île a le privilège, rare dans cette partie de la Méditerranée, de posséder des rivages encore peu urbanisés, avec notamment d'importants secteurs vierges de tout aménagement. Le tourisme est donc une activité décisive pour l'économie du bassin Corso-liguro-provençal, cependant il exerce de fortes pressions sur les ressources naturelles.
De plus, la migration générale de la population vers la zone côtière urbaine implique une recrudescence des besoins en eau, énergie, infrastructures, transports. Des moyens appropriés de traitement des déchets et des eaux usées de la population côtière et des bassins versants doivent être mis en œuvre.
Dès lors, les menaces sur les populations de mammifères marins, leurs espèces associées et leurs habitats sont multiples. Les cétacés sont par exemple susceptibles de contracter des agents pathogènes présents dans les eaux usées, de même que d'ingérer des sacs plastiques rejetés en mer.
En plus des ouvrages littoraux, il existe d'autres activités anthropiques pouvant avoir un impact sur les cétacés.
Certaines pratiques agricoles en milieu côtier et dans les bassins versants affectent le milieu marin en contribuant à l'érosion des sols, à la déforestation, à la pollution des eaux douces notamment par les engrais, les fongicides et les pesticides. Les modifications du réseau hydrographique au sein des bassins versants par la construction de barrages, de canaux, lacs de retenue peuvent aussi avoir un impact sur la qualité et la quantité d'intrants en eau douce au sein de la zone du Sanctuaire et être à la cause notamment de pollutions telluriques.
Les activités industrielles chimiques, pétrochimiques et métallurgiques ainsi que le traitement des déchets et la régénération des solvants, le traitement de surface des métaux, la production de papier, de peintures et de plastiques, teintures, les imprimeries et les tanneries, les raffineries de pétrole et de gaz, les carrières de sable, de gravier, les forages de puits, les usines de désalinisation et les centrales électriques utilisent les eaux de la Méditerranée ou les eaux douces des bassins versants dans leurs procédés de chaînes de production et leurs rejets. Les impacts peuvent être directs sur les zones côtières par la pollution de l'air et des effluents, et indirects par l'urbanisation et le développement que ces unités suscitent à proximité.
Menaces
Pollutions par les pesticides (DDT, etc.), fertilisants abondants (nitrates, etc.), métaux lourds (mercure, etc.), Polychlorobiphényles (PCBs), agents pathogènes telluriques, les microplastiques, les macro déchets, entraînant des dysfonctionnements physiologiques et autres problèmes de santé.