Le milieu physique
Géologie/géomorphologie
La convergence des plaques tectoniques est responsable du développement de la Méditerranée occidentale. Le bassin liguro-provençal s'est ouvert avec la rotation du bloc corso-sarde. La morphologie du Sanctuaire englobe ainsi des zones insulaires.
Les fonds du Sanctuaire ont été façonnés successivement par d'importants plissements et chevauchements à l'âge alpin, des phénomènes de subsidence provoqués par des distensions au néogène, la morphogenèse des oscillations quaternaires du niveau de la mer, l'érosion atmosphérique, marine et fluviale et par les phénomènes de sédimentation récents et actuels.
Ces différents phénomènes géomorphologiques expliquent la présence de zones montagneuses, de plaines prolongées par des côtes rocheuses plus ou moins escarpées et de côtes basses souvent accompagnées de lagunes et de zones humides. A part les plaines de la côte orientale de la Corse et les côtes toscanes, les côtes bordant le Sanctuaire sont de nature rocheuses et souvent abruptes. La plupart des cours d'eaux ont un régime torrentiel drainant des bassins versants abrupts et souvent interdépendants. Les embouchures des rivières sont, en général, modestes avec des dépôts sédimentaires caillouteux.
Topographie sous-marine
La zone du Sanctuaire est caractérisée par une grande hétérogénéité topographique ainsi qu'une diversité hydrodynamique.
Le bassin liguro-provençal, sa zone adjacente corse et la mer de Sardaigne sont caractérisés par une plate-forme continentale très réduite en bordure creusée entre 2.5 et 10 milles des côtes.
De profonds canyons sous-marins prolongent les axes paléofluviaux et les fractures tectoniques jusqu'à plus de 2000 m de profondeur.
Le talus continental s'élargit d'Ouest en Est, très abrupt en région Provençale et le long de la côte occidentale de la Corse, plus étendu dans la partie orientale et pouvant s'étendre à 25 km de la côte le long du littoral toscan.
Les plus grands fonds sont localisés à l'est du méridien 5°30' E atteignant 2700 m. La mer Tyrrhénienne septentrionale est moins profonde (maximum aux environs de 1700 m). Elle est séparée de la mer Ligure par les Bouches de Bonifacio et par le golfe de Follonica-île d'Elbe. Sa large plate-forme continentale, d'où émergent des reliefs sous-marins isolés, relie ces deux seuils.
Le climat
La zone du Sanctuaire est soumise au climat méditerranéen avec un été chaud et sec sous l'influence de l'anticyclone des Açores et des hivers doux et relativement pluvieux. Les vents locaux sont de direction et de force variées avec des maxima en hiver : le bassin liguro-provençal subit le Mistral et la Tramontane du secteur N-NW, la mer Tyrrhénienne septentrionale des vents du N-NE et le Sirocco du S-SE, et la côte orientale de la Corse subit moins fréquemment le Libeccio du S-SO.
Hydrologie et courantologie
Le bilan hydrique de la Méditerranée est négatif : l'excès d'évaporation n'est pas compensé par les précipitations et les apports des bassins versants. Ce déséquilibre est ainsi en partie compensé par un flux entrant des eaux atlantiques supérieur au flux sortant des eaux méditerranéennes.
La circulation générale des masses d'eau en Méditerranée nord-occidentale suit le long de la pente continentale un circuit cyclonique induit par des gradients de densité de 3 couches d'eau :
- une couche superficielle allant jusqu'à 300-400 m formée d'eaux atlantiques et secondairement d'eaux douces pluviales et fluviales,
- une couche intermédiaire entre 200 et 500 m plus dense, plus riche en sels nutritifs et relativement chaude,
- des eaux profondes plus homogènes avec une température annuelle quasi-constante de 12.7°C. Le brassage des eaux sous l'action des vents est plus intense en hiver favorisant les remontées d'eaux profondes ou « upwellings ».
Au sein du Sanctuaire, les eaux superficielles atlantiques se dirigent vers le nord-est de part et d'autre de la Corse pour se rejoindre en mer Ligure et former le courant Nord Méditerranéen, décrit comme une veine de 20 à 5 km de large jusqu'à environ 150 m de profondeur caractérisée par un flux de 14x10 m3s-1. Ce courant est tributaire des champs de pression atmosphérique du Golfe de Gênes et du Golfe du Lion. Les apports d'eau douce des bassins versants peuvent influencer la circulation générale de ce courant.
Les eaux intermédiaires font aussi partie de ce courant. Elles s'écoulent en mer Tyrrhénienne et se divisent pour franchir le canal de Corse et pour contourner la Sardaigne et la Corse par l'Ouest. Au niveau du Cap Corse, un second courant provient de Méditerranée orientale. Les deux courants se rejoignent au nord de la Corse formant le courant liguro-provençal qui remonte au nord vers le golfe de Gênes avant d'obliquer à l'Ouest en longeant les côtes en direction de l'Espagne. Sous l'action de la circulation cyclonique, ce courant engendre dans le bassin liguro-provençal une structure de dôme de divergence ainsi qu'une zone de structure frontale, deux structures importantes pour leur productivité biologique.
Processus et unités océanographiques
Pour les besoins de la gestion, il a été identifié différentes catégories de zones :
- à bathymétrie statique (canyons) ;
- à phénomènes hydrographiques stables ;
- à phénomènes hydrographiques éphémères et mobiles (upwellings, systèmes de front).
La productivité biologique est forte, notamment dans les zones d'upwelling et de front où se rassemblent les mammifères marins consommateurs de plancton.
Le Sanctuaire abrite aussi une grande partie des divers types d'habitats marins et côtiers méditerranéens. De nombreuses études se sont efforcées de définir l'habitat des cétacés et départagent la présence des différentes espèces par la température de l'eau de surface et les différentes masses d'eau en présence, les profondeurs et le relief topographique, les phénomènes hydrologiques tels que les upwellings ou les fronts, ou la combinaison de plusieurs facteurs à divers niveaux spatio-temporels. Les habitats préférentiels au vu des observations seraient le talus continental et l'environnement pélagique ; la présence des mammifères marins est souvent dépendante de la distribution des proies dont ils se nourrissent.