Le Sanctuaire Pelagos a entre autre pour mission de rassembler et de soutenir les différentes équipes scientifiques travaillant sur les mammifères marins de Méditerranée. Le suivi scientifique des populations de cétacés, de même que les recherches technologiques représentent la base nécessaire de la connaissance, permettant d’orienter les décisions que prendront les gestionnaires du Sanctuaire.

En France depuis août 2007, le Groupement d’Intérêt Scientifique pour les Mammifères Marins de Méditerranée (GIS3M) s’est formé. Cette association loi 1901 a pour objectif de soutenir la recherche et de développer l’expertise sur les mammifères marins en Méditerranée et leur environnement. Elle favorise la synergie des compétences en permettant notamment de fédérer les chercheurs et spécialistes pluridisciplinaires ainsi que les moyens matériels et financiers autour de projets de recherches partagés.