Outre l'urbanisation, les industries et les transports polluants, l'utilisation de bateaux à moteur en mer (pêcheries, ferries, jet-ski, off shore et whale watching) nécessite l'utilisation de carburant, responsable d'émission de gaz à effet de serre accélérant le réchauffement climatique.
Le whale watching reste à ce stade une activité largement consommatrice d'énergie fossile difficilement compatible avec la notion de « durabilité ». Economiquement d'abord, à cause des répercussions de la hausse des cours du pétrole. Ecologiquement ensuite, puisque 80% des bateaux de whale watching sont propulsés par de puissants moteurs Diesel, très énergivore et émetteurs de gaz à effet de serre.
Notons que ces gaz à effet de serre contribuent à la hausse des températures de l'eau. Par exemple, le krill boréal qui constitue l'unique proie des Rorquals communs pourrait subir de graves perturbations face au réchauffement de son habitat. Enfin, les particules émises par la combustion des énergies fossiles sur le lieu d'observation pourraient causer des perturbations pulmonaires aux cétacés. Des études scientifiques complémentaires restent néanmoins nécessaires à ce stade afin de prendre des mesures de gestion adaptées.
Options de gestion
Des études à l'échelle de l'ACCOBAMS sont menées afin d'évaluer l'impact du changement climatique sur les cétacés et d'identifier les espèces indicatrices, en collaboration avec les instances internationales telles que la Commission Baleinière Internationale (CBI), l'Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN) et la Commission Générale des Pêches pour la Méditerranée (CGPM).
Des indicateurs normalisés pour le monitoring du changement climatique dans les Aires Marines Protégées de la Méditerranée sont également en train d'être élaborés en collaboration avec l’UICN.
Il est également indispensable de choisir des alternatives aux énergies fossiles (énergies renouvelables, nouvelles technologies de propulsion) et de les tester au sein du Sanctuaire, en collaboration avec les concepteurs et distributeurs de ces systèmes, ainsi qu'avec les opérateurs de whale watching labellisés. Les prestations proposées aux éco-touristes devront également être réorganisées (e.g. limitation du nombre de rotations entre le port et les spots) en vue de limiter le budget énergétique.