Si tratta di imbarcazioni per il trasporto di passeggeri o merci (traghetti, navi da carico, petroliere, portacontainer, ecc.), di dimensioni spesso superiori a 100 metri, che navigano a una velocità compresa tra 14 e più di 40 nodi. Seguono una rotta precisa, spesso identica per tutto l'anno, mentre può variare il numero di rotazioni, che aumentano molto nei mesi estivi per il trasporto di passeggeri tra le isole del Mediterraneo (Corsica, Sardegna) e la terraferma.

Con un traffico marittimo annuale stimato a 220.000 navi mercantili, la navigazione commerciale è particolarmente intensa nel Mediterraneo occidentale. Questo vale anche per il Santuario Pelagos e le sue frontiere, dove sono presenti 2 degli 8 "nodi di concentrazione del traffico marittimo" (Genova e Marsiglia) individuati nell'intero bacino e una trentina di collegamenti al giorno assicurati da non meno di 8 compagnie di trasporto passeggeri tra la terraferma, la Corsica e la Sardegna.

Rotte effettuate dalle navi commerciali nel 2001 nel Mediterraneo occidentale. In Di-Méglio e David (2006), secondo i dati SCOT (2004).	Carta del Santuario Pelagos con i corridoi di navigazione (fonte: Workshop scientifico internazionale sulla gestione spazio-temporale del rumore, ACCOBAMS, ottobre 2007).2

Inoltre, pur rappresentando meno dell'1% della superficie totale degli oceani, nel Mediterraneo si svolge il 28% del traffico mondiale di trasporto petrolifero marittimo.

Il traffico tra la terraferma e la Corsica si fa più intenso in estate, con un numero di passeggeri all'anno compreso tra 700.000 e 900.000. Per spiegare il rischio elevato di collisione, bisogna considerare la concomitanza tra la concentrazione estiva di varie centinaia di grandi cetacei con questa densità di navi. La crescita del traffico nella zona Pelagos, soprattutto in termini di trasporto merci (autostrade del mare) aumenta ulteriormente la necessità di definire gli interventi per limitare questi rischi di collisione.

Minacce

Collisioni, inquinamento acustico, turbative, inquinamento da idrocarburi, emissione di gas a effetto serra.

NB: le acque di zavorra raccolte o scaricate in mare sono state spesso fonte di inquinamento biologico o genetico provocando la traslocazione di certe specie marine, soprattutto di specie collegate ai mammiferi marini. È così che circa 300 specie non autoctone sarebbero entrate nel Mediterraneo.