La Conferenza delle Parti (COP) è l'organo decisionale dell'Accordo, chiamato ad approvare le raccomandazioni formulate dal Comitato Scientifico e Tecnico (CST).

La Conferenza delle Parti è costituita da un Presidente, dalle delegazioni nazionali delle tre Parti, dai componenti del Segretariato permanente e dagli osservatori. Ciascuna delegazione è composta da un capo delegazione e da un massimo di cinque membri, ai quali possono aggiungersi, secondo necessità, eventuali esperti di loro scelta.

La Conferenza delle Parti si svolge ogni due anni, a turno, nel paese firmatario dell'Accordo a cui spetta la Presidenza. 

La settima Conferenza delle Parti si è svolta a Monaco, il 12 e 13 dicembre 2017, sotto la presidenza monegasca del Dottor Cyril Gomez. La prossima Conferenza delle Parti è prevista per il primo semestre 2021.