Da settembre 2004, il Santuario Pelagos opera in base a un piano di gestione che consente effettivamente di garantire una tutela efficace dell'area di competenza dell'Accordo in un'ottica di sostenibilità.

Il piano di gestione recepisce le riflessioni delle singole parti e le azioni pratiche da perseguire e realizzare allo scopo di gestire lo spazio del Santuario nel suo complesso. Ai fini di una gestione globale delle problematiche, viene adottata un'impostazione:

• ecosistemica, cioè le variabili saranno ricollocate nel loro contesto naturale e socioeconomico;
• dinamica, cioè le azioni svolte nel quadro del piano di gestione verranno valutate costantemente e adeguate in funzione dei risultati;
• funzionale, perché l'organizzazione adottata dovrà facilitare la collaborazione tra i vari enti.

Le variabili naturali corrispondono ai fattori ecologici dell'ambiente (luce, idrodinamica, pressione idrostatica, temperatura, salinità, substrato bentonico, ecc.), alle interazioni tra gli organismi e a tutto ciò che attiene alla struttura e al funzionamento degli ecosistemi marini: acque d'altura, upwelling, zone neritiche, idrodinamica, estuari, canyon, ecc.

A queste va aggiunta la variabile antropica: apporto di sostanze inquinanti (inquinamento chimico urbano e industriale), specie alloctone, sfruttamento degli ecosistemi (variabile socioeconomica: pesca, acquacoltura, utilizzo della biodiversità), assetto del litorale, navigazione commerciale, diportistica o sportiva, turismo e attività corrispondenti (whale watching).

Il piano di gestione prende inoltre in considerazione le azioni svolte nel quadro di altri Accordi e programmi internazionali (ACCOBAMS, RAMOGE, UNEP/MAP).

Il piano di gestione è stato elaborato in più tappe:

• redazione di una sintesi di dettaglio e approvazione delle Parti Contraenti (febbraio 2003);
• nomina di un esperto per redigere il piano di gestione (Dottoressa Virginie Tilot). Si avvia un lungo lavoro d'indagine presso i vari portatori d'interesse che compongono il contesto socioeconomico del Santuario;
• creazione di un gruppo di lavoro ad hoc, composto da tre o quattro rappresentanti di ciascuna Parte, allo scopo di seguire e di coadiuvare l'esperto nel suo incarico, lungo la fase d'indagine e di redazione;
• presentazione di un progetto di massima a dicembre 2003;
• finalizzazione nella primavera del 2004;
• approvazione il 15 settembre 2004 all'Elba, in occasione della seconda Conferenza delle Parti Contraenti dell'Accordo.

L'adozione e l'applicazione del piano di gestione hanno così contrassegnato l'ingresso del Santuario Pelagos in una nuova dinamica, imperniata su una cooperazione internazionale regolare ed efficace, lasciando immutata la finalità di permettere ai mammiferi marini di muoversi, in compagnia dell'uomo, in un ambiente favorevole.

Per facilitare la lettura di questo documento ponderoso, un gruppo di lavoro ad hoc, composto da un rappresentante  di ciascuna delle Parti, ne ha redatto una pdf sintesi operativa  che raccoglie l'insieme degli interventi di gestione raccomandati dal piano.

ACCOBAMS: Accordo per la Conservazione dei Cetacei nel Mar Nero, nel Mar Mediterraneo e nelle contigue aree atlantiche

RAMOGE: Accordo tra Francia, Monaco e Italia per la protezione del litorale tra Marsiglia e La Spezia

UNEP/MAP: Piano d'Azione per il Mediterraneo, emanazione della Convenzione di Barcellona (1975) nel quadro del Programma delle Nazioni Unite per l'Ambiente