La realizzazione del Santuario Pelagos offre anche l'occasione di predisporre il monitoraggio scientifico delle popolazioni di cetacei, oltre che del loro habitat e dei pericoli a cui sono esposti. I risultati ottenuti dalle ricerche condotte vengono reinvestiti negli orientamenti di gestione per consentire allo Stato e ai suoi partner di realizzare interventi più mirati alla conservazione dei cetacei nel Santuario Pelagos. Lo scopo finale è teso a conciliare una buona convivenza tra le specie e le attività umane.
In Francia, l'uso di un dispositivo di ascolto passivo in mare è oggetto di una dichiarazione preventiva o di una richiesta di autorizzazione presso la DDTM (Directions Départementales des Territoires et de la Mer) o la Prefettura marittima del Mediterraneo francese. Il modulo, scaricabile dal collegamento qui sotto, deve essere inviato almeno due mesi prima di installare l'apparecchiatura o di utilizzare il dispositivo trainato.