La missione del Santuario Pelagos prevede anche di riunire e di sostenere le varie équipe di ricerca che lavorano sui mammiferi marini del Mediterraneo. Il monitoraggio scientifico delle popolazioni di cetacei e la ricerca tecnologica sono alla base delle conoscenze che permettono di orientare le decisioni che verranno assunte dai responsabili del Santuario.

Dall'agosto 2007, è stato costituito in Francia il Gruppo d'Interesse Scientifico per i Mammiferi Marini del Mediterraneo (GIS3M). Questa associazione, ai sensi della legge del 1901, si prefigge di sostenere la ricerca e di sviluppare le competenze sui mammiferi marini del Mediterraneo e sul loro ambiente. Essa promuove la sinergia delle competenze, permettendo in particolare di federare ricercatori ed esperti di varie discipline, nonché i mezzi materiali e finanziari destinati a progetti di ricerca condivisi.